既不满清朝统治，又同情康、梁；既孕有民族思想，又没有转向革命。章太炎又将怎样“革政”呢？他提出了“客帝”“分镇”的课题。认为满洲贵族入主中国，是客帝，中国的“共主”，应为“仲尼之世胄”。说是只要清朝皇帝承认过去民族压迫的错误，拥护孔子后裔做中国的“虚君”，自己退居为齐桓、晋文般的霸主，发愤自强，那么反满情绪可以平息，可以防止“逐加于满人，而地割于白人”。他在文章中，不但也谈“素王”，还引《中候》和《春秋繁露》[35]，说明他还未摆脱康、梁的思想影响。这种“客帝”的论调，也是章太炎后来所说“纪孔保皇”的表露。这点，他自己也不否认，说：“余自戊、己违难，与尊清者游，而作《客帝》，饰苟且之心，弃本崇教，其违于形势远矣”[36]。
“分镇”，也是章太炎在民族危机严重、清政府腐败无能的情况下提出的一种改良设想。认为藩镇“政不己操，而位不久假”，所以“勿能跋扈”。政变危急之际，“犹赖有数镇稍自奋厉，是以扶危而定倾”。因此，不能削弱藩镇，而“甘心于白种之陵藉”。中国如果“无文武自将之主，而澌灭几至于尽”，所以削藩镇，是“天下之至私”，它只能“行媚白人”。同时，重藩镇和立宪政并不矛盾，“板荡之世，非得藩镇以尊攘，则宪政不立”。并举明治维新以为例，“若皇德贞观，廓夷旧章，示民版法，陶冶天下，而归之一宪，藩镇将奔走趋令，如日本之萨、长藩始于建功，而终于纳土，何患自擅”[37]。此后，进而指出，“瓜分而授之外人，孰与瓜分而授之方镇”[38]，可知章氏是在民族危机严重的情况下拟议“分镇”的。他反对满洲贵族的昏庸衰朽、丧权辱国，但对汉族地主阶级还有幻想。还想汉族地方督抚“扶危而定倾”，像日本明治维新一样，完成“尊攘”大业。那么，他向往的还是“明治维新”式的“革政”。只是到了义和团运动以后，他才“鉴言之莠”，进行“匡谬”[39]。