明成祖朱棣继位后，确曾召请年仅二十岁的噶玛巴到京会见，并封噶举派教主为大宝法王、萨迦派为大乘法王、格鲁派为大慈法王。至今西藏档案馆还存有三件明代原始文档，都是诏封噶举派法王的。［48］他们与明廷的关系也一直延续到万历年间。蒙古俺答汗归顺明廷后，曾请求派遣藏族喇嘛去蒙古传布佛教，在万历六年（1578）请宗喀巴弟子根敦主巴的第三世呼毕勒汗锁南嘉错去到青海，赐给他以大批礼物，并封赠以“达赖喇嘛”称号。崇祯九年（1636）蒙古固始汗发兵结束了第巴藏巴的统治，并以全藏十三万户尊奉格鲁派五世达赖，从此格鲁派（俗称黄教）开始占据藏传佛教的领导地位。
藏族学者才让《藏传佛教中的关公信仰》和西藏民族学院陈崇凯《藏传佛教地区的关帝崇拜与关帝庙考述》两篇论文都介绍说，藏文史籍《如意宝树史》里记载说，由五世达赖亲笔所写的《尊赞神祀供文》中已经明确叙述了西藏民间普遍信奉的赞神来历：
来自汉地，且随文成公主成番域守护神，于松赞干布前做许诺之，鲁赞大威力者，愿往积崖山之住地。［40］
五世达赖还重塑了赤尊赞的形象，使他成为红脸金甲、威风凛凛的将军，从形体上与关帝更为接近。故其后土观活佛也认为关帝与尊赞应出自同一心识。护法护财，祈雨平安，也正是关公神在中原乡里地区的职司功能。拉萨奔巴日（汉语宝瓶山）为赤尊赞道场。每年藏历年正月初三，拉萨的男男女女都到山顶插旗、挂幡，祈请这位护法神保佑风调雨顺，六畜兴旺、家宅平安。藏历五月十五，称为“南瞻部洲烟祭日”，居民们则爬山头煨桑祭神。才让还介绍说，在布达拉宫中最多的是有二十只手臂的赤尊赞及他神仙妻子的画像。赤尊赞是西藏发生内乱时被佛祖派来的西藏人的保护神，因此达赖喇嘛把关公看作仁慈的赤尊赞的化身，并非偶然。后来西藏民间传说中，赤尊赞就是文成公主最早由长安带来的觉卧佛像之守护神。于是开始将赤尊赞附会成汉地的关圣帝君，遂与元代传入的战神关帝混为一体。