天山南路居民信奉回教，因称为回部。清军占领准部，将军兆惠遣使招降诸回酋。回民数十万户拥酋长博罗尼都（大和卓木）、霍集占（小和卓木）抗清，只有库车、拜城、阿克苏三城的阿奇木伯克（官名）鄂对等走伊犁降兆惠。乾隆二十三年，兆惠率鄂对等攻回部。二十五年，兆惠军由乌什向喀什噶尔，富德军由和阗向叶尔羌，大小和卓木弃两城越葱岭西走，死。清尽有天山南北两路，称为新疆。设伊犁、塔尔巴哈台、乌鲁木齐、喀什噶尔四镇，将军驻伊犁。
清朝承认回民的宗教风俗，征收租税，依准噶尔旧额取二十分之一。更巧妙的统治术是禁止辫发，只有四品以上回官才允许薙头，作为一种恩典。
（丙）西藏
西藏在唐朝称为吐蕃。李世民贞观时代，赞普（王）弄赞笃信佛教，自印度迎僧侣入国都拉萨传教，用印度字制国文，全藏化成佛教国。僧侣称喇嘛，吐蕃语“无上”的意思。元世祖忽必烈尊吐蕃僧八思巴为国师，封大宝法王，掌全藏政教大权。法王得娶妻（普通喇嘛不得娶妻），后嗣称萨迦（释迦）胡图克图（转生、再世）。衣帽本印度旧式，色赤。明初，西宁僧宗喀巴创新教，禁娶妻，衣帽用黄色。因此喇嘛有红教、黄教两派。黄教在前藏盛行。红教据后藏与黄教对抗。朱见深成化十五年（一四七九年），宗喀巴死，有两大弟子并居拉萨，一名达赖喇嘛（自称观音化身），一名班禅喇嘛（自称金刚化身），继嗣宗喀巴教法，为黄教徒宗主，黄教禁娶妻生子，别创一嗣续法，声称达赖、班禅两喇嘛永远不死，示寂（死）后仍呼毕尔罕（转世、化身），住世济度众生。达赖三世名锁南嘉穆错，渐得蒙古诸部尊信，俺答汗迎锁南嘉穆错至青海，黄教大行。漠北诸部，奉宗喀巴第三弟子哲卜尊丹巴的后身为大胡图克图，居库伦，总管蒙古教务，地位比班禅低一等。